1、申请者向认证中心提出正式申请，填写申请表和交纳申请费。
2、认证中心核定费用预算并制定初步的检查计划。
3、申请者交纳申请费等相关费用，与认证中心签订认证检查合同，填写有关情况调查表并准备相关材料。
4、认证中心对材料进行初审并对申请者进行综合审查。
5、实地检查评估。认证中心在确认申请者已经交纳颁证所需的各项费用后，派出经认证中心认可的检查员，依据《有机食品认证技术准则》，对申请者的产地、生产、加工、仓储、运输、贸易等进行实地检查评估，必要时需对土壤、产品取样检测。
6、编写检查报告。检查员完成检查后，编写产地、加工厂、贸易检查报告。
7、综合审查评估意见。认证中心根据申请者提供的调查表、相关材料和检查员的检查报告进行综合审查评估，编制颁证评估表，提出评估意见提交颁证委员会审议。
8、颁证委员会决议。颁证委员会对申请者的基本情况调查表、检查员的检查报告和认证中心的评估意见等材料进行全面审查，作出是否颁发有机证书的决定。
9、颁发证书。根据颁证委员会决议，向符合条件的申请者颁发证书。获证申请者在领取证书之前，需对检查员报告进行核实盖章，获有条件颁证申请者要按认证中心提出的意见进行改进做出书面承诺。
10、有机食品标志的使用。根据有机食品证书和《有机食品标志管理章程》，办理有机标志的使用手续。
（二）有机食品认证流程图
（三）认证机构认证程序的时限
1.目的
认证机构检查和认证程序的目的是在客户与认证机构之间建立起合作关系和有效的建设性的调查和决策机制，以及在认证机构保证下对有机食品商业贸易的控制。该程序是为有机生产者、认证机构以及消费者的利益而制定的。
2.认证程序的时限
2.1 申请（1周）
直接向认证机构申请，认证机构将询问有关基础上的一些信息以便进行严格而可信的费用预算。
2.2 合同和费用预算（1周）
在所提供信息的基础上，第二周申请者会收到一份检查合同以及一份费用预算、检查程序、时间表和有关技术细节的说明。
2.3 检查（根据地区、产地情况时间可能不同3-7天）
认证机构指派一名有经验的检查员执行检查，他将提供一份详尽的检查时间表，并要求通知申请者在当地的合作伙伴等细节。
检查包括申请者的有机生产内部规章制度，生产地以及参观包装、房屋、仓库和加工厂，最新文件、记录和最终与申请者的讨论。
2.4 检查员报告（2周）
检查中的调查报告与有关文档一起寄到认证机构办公室。如检察员有疑问，可随时提出追加一次检查。检查员报告将在其检查完成后的2周内提交认证机构。
2.5 综合审查评估（3周）
认证中心将检查员报告的结果与认证机构《有机食品认证技术准则》进行对照，如经事先同意，还将应用附加标准。认证中心形成一份包括“有机生产是否符合准则要求以及改进措施”在内的“综合审查评估报告”。
2.6 颁证决议（2周）
认证中心将“综合审查评估报告”提交颁证委员会，颁证委员会将作出是否颁证的决议。
2.7 付款及颁证（2周）
在检查开始之前须付款50%，当认证决议生效时必须付清余额并得到发票。认证机构将会在检查员检查后90天内颁发证书。
